Linda Perry naît le 15 avril 1965 dans une famille nombreuse. Après avoir fait ses études secondaires, elle part pour San Francisco en 1987. Elle y débute sa carrière musicale en chantant avec sa guitare ses propres textes dans la rue, puis dans des cafés. Elle est ensuite recrutée dans le groupe 4 Non Blondes par Christa Hillhouse en 1989.
Le groupe publie en 1992 son premier album Bigger, Better, Faster, More! sous le label Interscope, avec notamment la chanson What's Up?, écrite par Linda Perry. Le titre devient alors le plus grand succès des 4 Non Blondes.
Linda Perry, ayant révélé son homosexualité quelques années plus tôt, est dès lors ouvertement lesbienne2. Elle est en couple avec l'actrice américaine Clementine Ford jusqu'en 2011 puis avec Sara Gilbert.
Elle quitte les 4 Non Blondes en 1995. Son label Interscope lui permet alors de publier un album solo. C'est finalement en 1996 qu'il est publié, intitulé In Flight. Son deuxième album solo, After Hours, quant à lui, sort en 1999.
En 2001, sa carrière de productrice démarre réellement par ses participations sur les albums Stripped de Christina Aguilera et M!ssundaztood de Pink. Dès cette période, elle participe également activement aux projets de Courtney Love, James Blunt, Gwen Stefani, Vanessa Carlton, Kelly Osbourne… Elle fonde de plus son propre label, Custard Records.
Linda Perry signe en 2005 avec le label Kill Rock Stars, qui lui permet de publier une réédition de son album In Flight.
En 2011, Linda Perry fonde un nouveau groupe avec Tony Tornay : Deep Dark Robot. Le premier album du groupe, 8 Songs About a Girl, sort en mars, porté par le single Won't You Be My Girl.


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